بدون ترديد مسجد جامع كبير يزد يكي از شاهكارهاي بديع معماري مساجد ايران به شمار مي آيد كه تزيينات زيبا و منحصر به فرد آن جلوه اي ستودني به آن داده است. اين بنا مشتمل بر يك ايوان رفيع، گنبدخانه، دو شبستان تابستانه در طرفين آن دو گرم خانه در ضلع شرقي و غربي و يك صحن بزرگ مستطيل شكل و دو پاياب است.
مسجد داراي شش ورودي است كه در اضلاع مختلف بنا واقع شده اند. ورودي اصلي كه در ضلع شرقي مسجد واقع شده داراي سردر رفيع و نيز كتبيه هاي كاشي معرق است و دو مناره نيز بر آن استوار گرديده. اين سردر زيبا در زمان شاهرخ تيموري به بنا اضافه شده و بر آن تزيينات و كاشي معرق با نفوش گره چيني و اسليمي كار شده است. بخش اعظم اين آثار به مرور زمان تخريب شده بود در تعميرات هيئت حاميان بازسازي مي شود.
ورودي مذكور به يك هشتي (كرياس) با سقف گنبدي گشوده مي شود كه اين فضا را مي توان موزه كتبيه ها ناميد زيرا كه انواع كتبيه هاي سنگي و كاشي كه بر وقفنامه و فرامين حكومتي در دوره هاي مختلف درج شده، منصوب است.
در ضلع غربي بنا درست مقابل ورودي مذكور قرار گرفته و آن هم به يك هشتي گشوده مي شود كه نماي اين درگاه با كاشي كاري جديد تزيين يافته است. ورودي ديگر مسجد در ضلع شمالي و درست روبه روي ايوان قرار دارد. اين ورودي متصل به يك كرياس است و سردر آن با كتبيه هاي قرآني و تز يينات كاشي معرق جديد تزيين يافته است.
ورودي شمال غربي داراي نماي ساده و بي پيرايه است كه به يك دالان طويل گشوده مي شود كه اين دالان به يكي از رواق هاي اطراف صحن متصل مي گردد.
دو ورودي ديگر مسجد يكي در ضلع جنوب غربي واقع در شبستان غربي گنبدخانه و ديگري در شمال شرقي و در بخش قديمي مسجد واقع شده كه درحال حاضر هر دو مسدود است.
دو گرم خانه مسجد در ضلع شرقي و غربي صحن قرار دارند، گرم خانه شرقي به شبستان شازده معروف است و داراي 48ستون مستطيل شكل با ازاره هاي پوشيده از كاشي هاي شش ضلعي و فيروزه اي رنگ است. در ضلع شرقي و غربي اين گرم خانه شاه نشين هايي كه در انتهاي آن پنجره و نورگيرهايي تعبيه شده است. اين شبستان همچنين داراي طاق هاي گنبدي سراسري است كه در قسمت مركزي شان نورگيرهايي سنگي هشت ضلعي قرار دارد. محراب اين گرم خانه داراي دهانه گشاد با قوس هاي پنج و هفت كند و نيز نقوش مهري ظريف و زيبا است. گرم خانه ضلع شرقي كاملا جديد و از احداث هيئت حاميان مسجد است. اين گرم خانه نيز از نوع ستون دار بوده و محراب جديد آن با كاشي هاي خشتي و هفت رنگ تزيين يافته است.
درگوشه شمال شرقي صحن محوطه اي به ابعاد 3*5/2 متر با ديوار آجرچيني مشبك كه به قرائت خانه موسوم بوده و در سمت قبله آن كتيبه محرابي از كاشي هاي مسدس آبي رنگ و به تاريخ 890 هجري نصب است.
زيباترين بخش بنا را مي توان مجموعه ايوان و گنبدخانه و فضاهاي پيرامون آن ناميد. نماي ايوان رفيع با مجموعه اي از زيباترين تزيينات كاشي معرق و با نقوش اسليمي و گياهي و نيز گره چيني پوشانده شده اين تزيينات همراه با آجرهاي ضربي و نقوش معقلي و كتيبه هاي كاشي معرق و كوفي بنايي مجموعه اي بديع و خيره كننده آفريده اند كه تحسين هر بيننده اي را برمي انگيزد.
در دو طرف دهانه ايوان ورودي غلام گردش ها و غرفه هايي است، كه اين غرفه ها در دو طبقه بوده و به يكديگر متصل اند و فضاي ايوان و گنبدخانه را دور زده و بر آن مشرف هستند. گنبدخانه مربع شكل يك دهانه گشاده مركزي و داخل ايوان و دو گذرگاه طاق دار در طرفين آن دارد. اين گذرگاه ها به غلام گردش هاي ايوان كه روي آنها در قرن نهم غرفه هايي ساخته شده منتهي مي گردد. دو شاه نشين دو طرف گنبدخانه، داراي نرده هاي پوشيده از كاشي مشبك بوده و درشاه نشين ضلع شرقي دو سنگ محرابي زيبا متعلق به قرن نهم نصب است. از اره ايوان و گنبدخانه با كاشي هاي مسدس آبي رنگ پوشيده شده كه در وسط هر كدام با ترنج هاي كاشي معرق تزيين شده است.
ديواره بالاي از اره ها در غلافي از طرح هاي هزار باف مركب از كاشي هاي بسيار كوچك كه تشكيل نقوش نوشتاري مي دهند، پوشيده شده و بر ديوارهاي جنوبي و شمالي زير گنبدخانه با خطوط كوفي بنايي تسبيحات اربعه و شهادتين اجرا گرديده است.
گنبد مسجد بر روي فيلپوش هاي بزرگي قرارگرفته كه با مقرنس هاي مزين به نقوش معقلي پوشيده شده اند. فاصله اين فيلپوش ها نيز با كاربندي زيبايي كه بر آنها با خطوط كوفي بنايي كلمات الله و محمد نقش بسته، كار شده است.
محراب اصلي يا محراب واقع در گنبدخانه يا مقصوره يك دهانه مستطيل عميقي بوده كه از دو طرف آنها معبرهاي تنگ و كوتاهي به دو سوي گنبدخانه راه مي يابد. اين محراب زيبا مزين به انواع كاشي معرق و كتيبه و آجرضربي است و بر دو كاشي ستاره اي شكل منصوب درآن نام استادكار و تاريخ ساخت محراب (777 هجري) نقش بسته است.
در ضلع غربي و شرقي گنبدخانه دو شبستان يا تابستانه وجود دارد كه غلام گردش هايي با طاق هاي متقاطع آنها را به مقصوره پيوند داده است. شبستان شرقي درسال 777 هجري به دستور شاه يحيي مظفري ساخته مي شود و بوسيله يك غلام گردش با پنج دهانه تنگ كه به سوي رواق شرقي باز مي شود به گنبدخانه و ايوان متصل مي گردد. اين شبستان داراي محراب كم عمقي است كه در رأس داراي مقرنس گچي بوده و كمي پايين تر از آن هشت قطعه قاب كاشي معرق به يك اندازه دركنار هم نصب شده است. يك كتيبه معرق نيز به ابعاد 108*58 سانتيمتر درپايين و در وسط محراب نصب است كه بر آن جملات قرآني و نقوش گل و گياه با تكنيك كاشي معرق اجرا شده است.
شبستان غربي در قرن نهم توسط خواجه غياث الدين عقيل ساخته شده و مشهور به شبستان غياثيه است. از ويژگي هاي بارز اين شبستان طاق هاي سراسري كوكبي و تويزه است كه در اكثر بناهاي تيموري شهر يزد ديده مي شود. در ضلع شرقي اين شبستان پنج اشكوبه ديده مي شود كه داراي نرده هاي گچي پوشيده از كاشي معرق هستند. محراب آن ساده و داراي مقرنس هاي گچي در نيم طاق آن است.
اين مسجد به لحاظ معماري از نمونه هاي شاخص مسجد جامع دركشور است. مسجد جامع يزد در قرن ششم هجري بنا شد و امروزه از اثري از آن برجا نيست ولي به جاي آن در قرن هشتم هجري مسجد جامع جديد يزد ساخته شد.
گنبدخانه مسجد داراي پلان مربع است كه در ارتفاع مناسب با گوشه سازي هاي خاص به هشت، 16 و 32 ضلعي تبديل شده وگنبدي دو پوش بر فراز آن قرارگرفته است.در ساختمان گنبد از روش خشخاشي استفاده شده كه يكي از مهم ترين فنون مهندسي در ساخت و ساز سنتي است.
يكي از دو مناره سر در اصلي داراي دو مسير حركت مستقل است به گونه اي كه اگر دو نفر همزمان از بالا و پايين درجهت مخالف حركت نمايند يكديگر را نخواهند ديد.
در زير ايوان اصلي 110 اسماء مباركه الهي به صورتي هماهنگ و كاملا فني با استفاده از خط كوفي بنايي نقش بسته است.
اين مسجد به چند دليل داراي اهميت است: نخست آنكه قديم ترين نمونه معماري است كه طي قرن نهم هجري در معماري مذهبي ناحيه يزد از آن تقليد شده است. ديگر خصوصيات مهم بنا كاربرد وسيع طاقهاي سراسري در شبستان هاست كه با تزيين كاشي معرق همراه است.
محراب مسجد با كاشي هاي معرق به سال 777 هجري همزمان با شبستان تابستاني ساخته شده است. طاق محراب مقرنس و بدنه آن را با هشت قاب مستطيل و مربع شكل از كاشي معرق بر زمينه سفال بي لعاب متشكل از يك طرح هندسي تزيين كرده اند.